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FPGA可以反复的重新配置，这就意味着设计者可以不断的反复的下载设计的逻辑做验证。如果出现错误或者需要升级，只需要修改设计，重新下载设计逻辑电路即可。FPGA虽然有重新配置的优势，带来的不利就是它每次在系统掉电之后，之前载入的程序将会丢失，系统上电后需要重新配置。设计者为了弥补这项缺陷，在FPGA芯片的旁边都会设置一个flash（掉电不丢失）。配置FPGA芯片的方式有很多，无外乎是在线配置和外部存储器配置。系统上电后，会主动获取外部存储器内的配置数据。在线配置的优先级最高，所以读者不必担心固化外部存储器后不能在线配置其他的。
